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Nota: Este post é baseado no post “Publishing scientific software matters”, de Gaël Varoquaux, e no artigo “Publishing scientific software matters”, de Christophe Pradal, Gaël Varoquaux e Has Peter Langtangen.

Cada vez mais softwares estão desempenhando papel fundamental na produção científica, seja transformando um modelo teórico em simulações, controlando experimentos ou filtrando dados para serem analisados. Infelizmente algumas coisas precisam ser melhoradas.

O primeiro problema é que várias pesquisas e softwares são construídos em cima de ferramentas proprietárias como Matlab e Mathematica, de forma que só é possível revisar a pesquisa e o software após adquirir tais ferramentas.

Uma das vantagens de modelar um problema matematicamente é que assim fica mais fácil procurar por uma forma de resolvê-lo que já tenha sido bastante estudada. De forma semelhante, seria interessante poder utilizar um software já existente ou adaptá-lo para resolver o problema desejado devido a sua estrutura matemática. Infelizmente grande maioria dos softwares são escritos direcionados para problemas específicos de forma que reusá-lo não é uma tarefa fácil, o que é o segundo problema.

O terceiro problema é que muitos dos softwares não encontram-se disponíveis publicamente sendo necessário contactar os autores para adquirir uma cópia quando eles podem fornecê-la. Quando falamos de ciência estamos indiretamente falando de resultados reprodutíveis, então “se não é aberto e verificável por outros, então não é ciência, ou engenharia, ou qualquer que seja o nome pelo qual você chama o que fazemos” (tradução literal de citação anônima presente em “The scientific method in practice: reproducibility in the computational sciences ” de V. Stodden.)

Espero que em breve consigamos resolver estes problemas.

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Foto por SF BRit
Foto por SF BRit (CC-BY)

Um movimento como o pela Ciência Aberta, assim como a própria ciência, não se faz de instituições, mas antes por uma reorganização de valores e práticas individuais que irão repercutir nessas estruturas.

Contudo, o surgimento de organizações dedicadas a promover tendências de abertura no desenvolvimento científico reflete a maturidade e consolidação do esforço que os indivíduos contribuem para tal.

Assim, é bastante significativo que neste ano tivemos, além da formação deste próprio grupo de trabalho, o estabelecimento de instituições dedicadas a estudar e avançar tendências da ciência aberta no Brasil.

Este post – para o qual atualizações, complementos e correções são bem vindos (deixe um comentário!) – busca apresentá-las.

  • Também em agosto, a Itaipú Binacional e seu Parque Tecnológico inauguraram o Centro Latino-Americano de Tecnologias Abertas, que irá pesquisar e desenvolver soluções inovadoras que utilizem exclusivamente tecnologias livres.

Além disso, na próxima semana teremos o segundo encontro, na Cidade do Cabo, para a formação de uma rede internacional de pesquisa em Ciência Aberta para o Desenvolvimento, financiada pelo IDRC-Canadá, que até o final do ano deverá abrir um edital para projetos e ativar parcerias com outras instituições.

E por agora, para concluir, compartilho uma animação fractal produzida por LandscapeWindscreen, para acompanhar uma das Variações Goldberg de J.S. Bach, numa gravação interpretada pela pianista Kimiko Ishizaka como parte do projeto Open Goldberg Variations, que através de financiamento coletivo produziu gravações e partituras em domínio público da obra.

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Ni!Screenshot from 2013-08-06 04:57:38

Foi publicado na última edição da revista Computação Brasil (CB), editada pela Sociedade Brasileira de Computação, o artigo Ciência aberta, dados abertos e código aberto de autoria do Prof. Fabio Kon.

Nele se descreve os desvios e fragilidades de algumas formas ainda atuais de lidarmos com o conhecimento científico, destacando a importância de as atualizarmos utilizando as tecnologias disponíveis, para abrir o conhecimento a todos e produzir, assim, uma ciência mais colaborativa e competitiva, mais verificável, reprodutível e responsável.

Acesse o artigo ou baixe a revista na íntegra.

Screenshot from 2013-08-06 04:55:30

E, aproveitando o assunto, hoje ocorre a inauguração do prédio do Centro de Competência em Software Livre no IME-USP!

Abraço!

(Imagens acima extraídas da revista.)

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Ni!

Durante seu segundo encontro anual, o Global Research Council, organização que reúne as principais agências nacionais de financiamento científico do planeta, dentre as quais o CNPq, endorsou e publicou um plano de ação para Acesso Aberto às publicações científicas.

O documento afirma inequivocamente o interesse da comunidade científica em abrir o acesso às publicações, solicita ações imediatas das organizações membros e estabelece três princípios, livremente sumarizados em:

  1. financiamento público requer resultados públicos
  2. conscientização e educação, espacialmente de jovens pesquisadores
  3. meios, recursos, apoios e políticas para incentivar abertura

(Obrigado ao Prof. Carlos Winter pela notícia!)

Aproveitando o tema, o diretor científico da FAPESP, Prof. Brito, publicou recentemente um post a convite no blog do Tony Hey, descrevendo a trajetória e os próximos passos das estratégias de acesso aberto da fundação: A Global View of Open Access – Part 2: The perspective from Brazil.

Abraços!

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Para aqueles que não sabem, a Mozilla não é apenas a desenvolvedora do navegador Firefox mas uma grande fomentadora de inovação na web por meio de vários projetos livres (ou abertos) que lidera ou participa como, por exemplo:

  • Persona: um sistema de identificação/autenticação descentralizado,
  • Popcorn: uma biblioteca para manipulação de páginas webs baseadas na reprodução de audio e vídeo,
  • Big Blue Button: uma plataforma livre para video conferência voltada para o ensino,
  • WebMaker: um grupo empenhado em serem facilitadores para que novas pessoas aprendam não só utilizar a web mas
    também criá-la.

Há mais de um mês atrás ela oficialmente lançou o Mozilla Science Lab (ver o anúncio em [2], [3] e [4]) que será dirigido por Kaitlin Thaney e terá como líder de projeto Greg Wilson [5]. A seguir espero explicar qual o objetivo da Mozilla e seus parceiros nesse novo projeto.

“A internet foi criada por pesquisadores para acelerar a ciência. Mas aproximadamente 30 anos depois, apenas uma minoria utiliza a internet para algo além da publicação e distribuição. A internet tem alterado fundamentalmente a natureza do comércio, educação, cultura e sociedade civil por meio da comunicação aberta, acesso a informação e inovação em escala global. Mas com poucas exceções, o trabalho científico ainda é feito individualmente e offline.” (Tradução do autor de trecho em [1].)

Embora existam várias iniciativas para auxiliar pesquisadores a utilizar a web e outras ferramentas computacionais (controle de versão e scripts, por exemplo) de forma a serem mais eficiente em suas pesquisas, como é o caso da Software Carpentry, esses pesquisadores continuam trabalhando individualmente e offline. Por esse motivo, “a internet continua uma plataforma para debate e divulgação de resultados, mas não uma ferramenta para conduzir, fortalecer e expandir o trabalhos desses pesquisadores.” (Tradução do autor de trecho em [1].)

Foi identificado quatro fatores que bloqueiam cientistas de utilizarem a internet para mais que debate e divulgação. São elas:

  1. Habilidade: parte da comunidade científica não é nativa digital nem possuem domínio sobre linguagens de marcação e protocolos presentes na internet.
  2. Tecnologia: embora tecnologia para a colaboração já exista (agregadores de notícias, wikis, pads, sistemas de controle de versão, …) a maioria requer muito trabalho antes que possa ser utilizada o qual encontra-se fora do alcance dos pesquisadores.
  3. Prática: os valores de trabalhar de forma aberta e em comunidade conflitam com as normas estabelecidas na academia em torno de originalidade, publicação e atribuição.
  4. Escala: a falta de modelos e facilitadores, além de conflito entre os poucos existentes inibe o crescimento da ciência aberta.

Os fatores 1 e 2 estão sendo resolvidos a medida que mais pesquisadores aderem a cultura livre e auxiliam seus pares nessa mudança. Os fatores 3 e 4 pretendem ser resolvidos pelo novo projeto da Mozilla ao convidar cientistas respeitados e já engajados com a ciência aberta para juntos guiarem o desenvolvimento de ferramentas, práticas e comunidades em torno de acelerar a ciência utilizando a internet.

Todos são convidados a participarem do Mozilla Science Lab. Atualizações sobre o projeto serão veiculadas no blog da Kaitlin.

Referências
[1] http://software-carpentry.org/blog/2013/07/sloan-proposal-round-2.html
[2] https://blog.mozilla.org/blog/2013/06/14/5992/
[3] http://kaythaney.com/2013/06/14/announcing-the-mozilla-science-lab/
[4] http://software-carpentry.org/blog/2013/06/mozilla-science-lab-announcement.html
[5] https://wiki.mozilla.org/ScienceLab

NotaEste post foi inspirado e baseado em Sloan Foundation Proposal Round 2 e Greg Wilson que foi originalmente publicado em 05/07/2013 no blog da Software Carpentry sob a licença CC-BY.

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Ni!

Caros, tive o privilégio de estar em Londres na primeira semana de julho participando do planejamento inicial do projeto Open Science for Development, que apoiará financeira e academicamente projetos de pesquisa envolvidos com práticas científicas abertas, seja por estudá-las ou colocá-las em prática.

Open Science for Development

O encontro foi organizado pela Open Knowledge Foundation (OKF, Reino Unido), para definir os fundamentos do projeto encomendado e financiado pelo International Development Research Centre (IDRC, Canadá). Estima-se que o aporte total será, de início, de cerca de dois milhões de dólares compartilhados entre 20 a 50 projetos.

A fase final de planejamento acontecerá na Áfricado Sul em 11 a 13 de Setembro, quando num workshop receberemos novos participantes para que conheçam melhor a proposta, ajudem a formalizar a chamada de projetos, e decidam se desejam aplicar ou contribuir como revisores e mentores dos projetos aprovados.

Já estão abertas as inscrições! As despesas dos selecionados serão cobertas pelo IDRC.

Segue abaixo o email original da Jenny Molloy, coordenadora do grupo de trabalho em Ciência Aberta da OKF Global. Os interessados devem mandar as informações indicadas, em inglês, para jenny.molloy@okfn.org até 24 de julho.

We are delighted to announce that OKF is collaborating with the OpenUCT Initiative at the University of Cape Town in an International Development Research Centre funded project to develop a southern led research agenda for open science for development.

We hope to use this as an opportunity not only to explore research into open science but also to really push community building efforts in the global south and identify a strong network of open science advocates and practitioners – maybe setting up some new local open science groups along the way!

You can read more in out project proposal.

A small group met in London last week to set the ground work for a larger workshop in Cape Town 11-13 September 2013 and the results of that meeting will be available online shortly.

We hope you are as excited about this opportunity as we are and in the spirit of the exercise we will be making both the process and outcomes as open as possible.

Therefore, if you would like to apply to participate in the Cape Town meeting please send us a brief half page introduction to yourself including answers to the following questions:

Why is this project of interest?

What expertise and experience do you bring?

What would you like to see come out of this project?

Preference will be given to participants from developing countries in order to further the aims of the project and full funding will be provided.

There is a short deadline of 24 July 2013 so please spread this invitation through your networks, particularly contacts you might have in the global south. If selected, we will organise travel and flights as soon as possible.

Best wishes

Jenny

Open Science for Development

Abraços!

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Em 07/06/2013, mais de 70 pessoas entre pesquisadores, estudantes, funcionários da universidade e cidadãos interessados compareceram ao Encontro pelo Conhecimento Livre, encontro nacional para divulgar e consolidar a formação do grupo de trabalho em Ciência Aberta, que contou também com cerca de 150 acessos ao vivo pela IPTV da USP, onde foi realizado.

Segue abaixo um relato das apresentações, na sua ordem cronológica. Vídeos de todas as sessões estão disponíveis no post Vídeos do encontro nacional do grupo de trabalho – 2013.

Participantes no intervalo

Educação aberta

Debora Sebriam (REA-BR) falou sobre projetos que testemunham a adoção crescente de Recursos Educacionais Abertos pela sociedade e em instituições de ensino, a formação da comunidade “REA-BR” no Brasil e o trajeto de algumas políticas públicas, inclusive o veto do governador Alckmin, em São Paulo, ao projeto de lei aprovado pela assembléia.

Tel Amiel (Unicamp) abordou a questão mais ampla de Educação Aberta, de experiências diversas de experimentação que ganham visibilidade na atual onda de Cursos Online Massivos (MOOCs).

Ferramentas científicas abertas

Rafael Pezzi (UFRGS) apresentou iniciativas de hardware científico aberto, partindo da sua experiência no Centro de Tecnologia Acadêmica IF-UFRGS que incluem o desenvolvimento de sistemas para monitoramento ambiental.

Fabio Kon (CCSL/IME-USP) abordou a questão de Software Livre científico e como o Centro de Competência em Software Livre da USP tem apoiado projetos e promovido colaborações entre áreas.

Daniel Tavares (LNLS) por videoconferência de Campinas mostrou a iniciativa de hardware aberto do grupo que integra no Laboratório Nacional de Luz Síncrotron produzindo placas de aquisição de dados de altíssima performance, como ela pode beneficiar outras pesquisas, e sua inspiração e o apoio da iniciativa de open hardware do CERN.

2013-06-07 12.02.06

Acesso aberto

Cameron Neylon (PLOS) falou por videoconferência, de Londres, sobre a experiência da PLOS, uma das maiores revistas de acesso aberto da atualidade, ressaltando seu interesse no potencial de outras formas de abertura da comunicação científica ainda mais radicais e inovadoras.

Sueli Ferreira (USP) comentou sobre o esforço para a criação dos repositórios institucionais com uso de metadados, a importância das instituições assumirem a guarda de sua produção, algumas propostas de mandatos institucionais, como a da FAPESP, e o quanto a colaboração entre as universidades paulistas nesse esforço será vantajosa.

Marcos C. Visoli (Embrapa) relatou iniciativas da Embrapa para estruturar e facilitar o acesso de pesquisadores e produtores a publicações e informações agropecuárias ou associadas à atividade, como também o uso e produção de software livre por essa empresa pública.

Ciência cidadã

Atila Iamarino (Science Blogs Brasil) relatou sua experiência como cientista e blogueiro, o papel que os blogs científicos vem adquirindo na sociedade e sua importância para a comunidade acadêmica, promovendo discussões mais aprofundadas sobre trabalhos científicos, servindo como mais um crivo de relevância, expondo casos de fraude e questionando também fatores políticos e econômicos da ciência.

Artur Rozestraten (USP) apresentou o projeto Arquigrafia, um ambiente interativo para compartilhamento, experiência e diálogo sobre imagens arquitetônicas, com uma extensão móvel. Nele, além do arquivo fotográfico da Faculdade de Arquitetura e Urbanismo da USP, que vem ali sendo disponibilizado online, também professores, alunos e entusiastas contribuem com suas coleções particulares ou mesmo imagens tiradas do celular.

Eduardo Oda (GHC) contou sobre os hackerspaces e o Garoa Hacker Clube, seu papel em proporcionar oportunidades de aprendizado sobre ciência e tecnologia para todas as idades, engajar cidadãos em discussões científicas, e convidou todos a frequentarem o espaço.

Dados científicos abertos

Henrique Andrade (Wikimedia Foundation) falou, do Rio de Janeiro por videoconferênca, sobre como são abertos os dados da Wikipédia e os meios técnicos para acesso à base. Por essa abertura, ela tem sido estudada não apenas para entender a própria enciclopédia, mas utilizada para pesquisa científica da linguística à sociologia, economia e biologia.

Jorge Machado (USP) comentou sua experiência em pedir a liberação de dados pelo governo utilizando a Lei de acesso à informação (ou Lei 12.527/2011). Foi dado ênfase no classificação dos periódicos pela CAPES e das informações da plataforma Lattes.

Ewout ter Haar (USP) trouxe a complexa questão do balanço entre dados abertos e privacidade (slides), em particular no caso da ciência, e envolveu todos numa discussão urgente, deixando clara a necessidade de aprofundá-la.

Robson Souza (USP) expôs o progresso do acesso aos dados no campo da biologia molecular e bioinformática, que historicamente investiu em repositórios púbicos de dados que permitiram revolucionar suas práticas e o conhecimento na área.

Wikipesquisas

Alexandre Hannud Abdo (USP) abordou experiências com formas mais integrais de ciência aberta. Duas foram discutidas. Cadernos de pesquisa públicos permitindo a verificação e o aprendizado a partir da trajetória completa de uma pesquisa. E colaborações científicas massivas, de matemática à medicina, que usam blogs e wikis para engajar produtivamente num mesmo problema de pesquisa centenas de pessoas com qualificações diversas, sem distinção de acesso.

Abdo abrindo o encontro

Segundo dia e apoio

O encontro ainda teve um segundo dia, em 08/06, com workshops na Casa Nexo, que relataremos posteriormente.

Foi realizado com apoio da Wikimedia Foundation, Open Knowledge Foundation, vários grupos de pesquisa, o auditório cedido pelo Instituto de Física da USP e divulgação pela Agência de notícias da FAPESP.

Esse relato foi inspirado e recombinou o post no blog do Raniere.

Ver também

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Ni!

Salve salve, bem vindos ao www.CienciaAberta.net!

cienciaaberta.png

No final de semana passado, dias 7 e 8 de junho de 2013, o grupo de trabalho em Ciência Aberta consolidou-se através da realização de um encontro nacional, onde compartilhamos experiências de práticas e também inquietações e propostas para facilitar sua adoção por pesquisadores e instituições de pesquisa e fomento no Brasil.

Este website, que serviu para divulgação do encontro, agora assumirá o papel de espaço público para divulgação de notícias, anúncios e discussões do grupo de trabalho.

Continuamos com a lista de emails, que serve para dialogarmos sobre as ações do próprio grupo, mas que deve ser usada com parcimônia para evitar o abuso da atenção alheia, e evitar tornar privadas questões que merecem um debate mais amplo.

Dito isso, todos estão convidados a participar desse blog. Os planos são:

  • qualquer participante do grupo que deseje escrever receberá um usuário
  • os posts devem ser pertinentes ao assunto Ciência Aberta
  • os posts devem ser categorizados segundo a tendência que representam
  • em breve instalaremos um plugin para permitir receber o blog por email

Por hora é isso, além de notícias, alguns dos primeiros posts serão relatos do encontro.

Grande abraço!

ale

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