Autor: raniere

Updated in 2013/11/04: Some of the slides are available at slideshare.

Note: The opinion in this post aren’t from the work group in Open Science as a hole.

In 6th and 7th of October happen the 4th CONFOA (Portuguese-Brazilian conference about Open Access) from it I would like to rise three topics to debate.

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The conference have lots of presentations about open access, open data, institutional repository, copyright, …, but I can only remember of TWO presentations that the slides have a free license:

  • Disponibilidad en acesso aberto de la produccion científica de los países de África lusófona. Martins Fernando Cuambe and Gema Bueno de la Fuente.
  • Cross-Ref, DOI (Digital Object Identifier) e serviços: Estudo comparativo luso-brasileiro. Edilson Damasio.

So presentations are one type of content that should NOT be open?

From the Budapest recommendations we have the following definition of open access (boldface from the author of this post):

By “open access” to [peer-reviewed research literature], we mean its free availability on the public internet, permitting any users to read, download, copy, distribute, print, search, or link to the full texts of these articles, crawl them for indexing, pass them as data to software, or use them for any other lawful purpose, without financial, legal, or technical barrier other than those inseparable from gaining access to the internet itself. The only constraint on reproduction and distribution, and the only role for copyright in this domains, should be to give authors control over the integrity of their work and the right to be properly acknowledged and cited.

In Brazil, most of the called “open” documents ONLY permit the reading. In my humble opinion, we must start calling this type of document “free beer” access to avoid misunderstandings.

Here in Brazil, people like to use the Creative Commons licenses with the noncommercial clause. I asked Marcos Alves de Souza from brazilian’s ‘Ministério da Cultura” for a definition of noncommercial use and he say that it doesn’t exist. So in my humble opinion, once we can’t make clear what is noncommercial we should stop using the noncommercial clause of Creative Commons because the use of this clause only slow the innovation as say, many times, in the conference.

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Nota: Este post é baseado no post “Publishing scientific software matters”, de Gaël Varoquaux, e no artigo “Publishing scientific software matters”, de Christophe Pradal, Gaël Varoquaux e Has Peter Langtangen.

Cada vez mais softwares estão desempenhando papel fundamental na produção científica, seja transformando um modelo teórico em simulações, controlando experimentos ou filtrando dados para serem analisados. Infelizmente algumas coisas precisam ser melhoradas.

O primeiro problema é que várias pesquisas e softwares são construídos em cima de ferramentas proprietárias como Matlab e Mathematica, de forma que só é possível revisar a pesquisa e o software após adquirir tais ferramentas.

Uma das vantagens de modelar um problema matematicamente é que assim fica mais fácil procurar por uma forma de resolvê-lo que já tenha sido bastante estudada. De forma semelhante, seria interessante poder utilizar um software já existente ou adaptá-lo para resolver o problema desejado devido a sua estrutura matemática. Infelizmente grande maioria dos softwares são escritos direcionados para problemas específicos de forma que reusá-lo não é uma tarefa fácil, o que é o segundo problema.

O terceiro problema é que muitos dos softwares não encontram-se disponíveis publicamente sendo necessário contactar os autores para adquirir uma cópia quando eles podem fornecê-la. Quando falamos de ciência estamos indiretamente falando de resultados reprodutíveis, então “se não é aberto e verificável por outros, então não é ciência, ou engenharia, ou qualquer que seja o nome pelo qual você chama o que fazemos” (tradução literal de citação anônima presente em “The scientific method in practice: reproducibility in the computational sciences ” de V. Stodden.)

Espero que em breve consigamos resolver estes problemas.

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Para aqueles que não sabem, a Mozilla não é apenas a desenvolvedora do navegador Firefox mas uma grande fomentadora de inovação na web por meio de vários projetos livres (ou abertos) que lidera ou participa como, por exemplo:

  • Persona: um sistema de identificação/autenticação descentralizado,
  • Popcorn: uma biblioteca para manipulação de páginas webs baseadas na reprodução de audio e vídeo,
  • Big Blue Button: uma plataforma livre para video conferência voltada para o ensino,
  • WebMaker: um grupo empenhado em serem facilitadores para que novas pessoas aprendam não só utilizar a web mas
    também criá-la.

Há mais de um mês atrás ela oficialmente lançou o Mozilla Science Lab (ver o anúncio em [2], [3] e [4]) que será dirigido por Kaitlin Thaney e terá como líder de projeto Greg Wilson [5]. A seguir espero explicar qual o objetivo da Mozilla e seus parceiros nesse novo projeto.

“A internet foi criada por pesquisadores para acelerar a ciência. Mas aproximadamente 30 anos depois, apenas uma minoria utiliza a internet para algo além da publicação e distribuição. A internet tem alterado fundamentalmente a natureza do comércio, educação, cultura e sociedade civil por meio da comunicação aberta, acesso a informação e inovação em escala global. Mas com poucas exceções, o trabalho científico ainda é feito individualmente e offline.” (Tradução do autor de trecho em [1].)

Embora existam várias iniciativas para auxiliar pesquisadores a utilizar a web e outras ferramentas computacionais (controle de versão e scripts, por exemplo) de forma a serem mais eficiente em suas pesquisas, como é o caso da Software Carpentry, esses pesquisadores continuam trabalhando individualmente e offline. Por esse motivo, “a internet continua uma plataforma para debate e divulgação de resultados, mas não uma ferramenta para conduzir, fortalecer e expandir o trabalhos desses pesquisadores.” (Tradução do autor de trecho em [1].)

Foi identificado quatro fatores que bloqueiam cientistas de utilizarem a internet para mais que debate e divulgação. São elas:

  1. Habilidade: parte da comunidade científica não é nativa digital nem possuem domínio sobre linguagens de marcação e protocolos presentes na internet.
  2. Tecnologia: embora tecnologia para a colaboração já exista (agregadores de notícias, wikis, pads, sistemas de controle de versão, …) a maioria requer muito trabalho antes que possa ser utilizada o qual encontra-se fora do alcance dos pesquisadores.
  3. Prática: os valores de trabalhar de forma aberta e em comunidade conflitam com as normas estabelecidas na academia em torno de originalidade, publicação e atribuição.
  4. Escala: a falta de modelos e facilitadores, além de conflito entre os poucos existentes inibe o crescimento da ciência aberta.

Os fatores 1 e 2 estão sendo resolvidos a medida que mais pesquisadores aderem a cultura livre e auxiliam seus pares nessa mudança. Os fatores 3 e 4 pretendem ser resolvidos pelo novo projeto da Mozilla ao convidar cientistas respeitados e já engajados com a ciência aberta para juntos guiarem o desenvolvimento de ferramentas, práticas e comunidades em torno de acelerar a ciência utilizando a internet.

Todos são convidados a participarem do Mozilla Science Lab. Atualizações sobre o projeto serão veiculadas no blog da Kaitlin.

Referências
[1] http://software-carpentry.org/blog/2013/07/sloan-proposal-round-2.html
[2] https://blog.mozilla.org/blog/2013/06/14/5992/
[3] http://kaythaney.com/2013/06/14/announcing-the-mozilla-science-lab/
[4] http://software-carpentry.org/blog/2013/06/mozilla-science-lab-announcement.html
[5] https://wiki.mozilla.org/ScienceLab

NotaEste post foi inspirado e baseado em Sloan Foundation Proposal Round 2 e Greg Wilson que foi originalmente publicado em 05/07/2013 no blog da Software Carpentry sob a licença CC-BY.

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